В мультфильме «Эволюция Черепашек-ниндзя» компании друзей в очередной раз предстоит защищать город от злодеев. На своём непростом пути братья встречают таинственного незнакомца. Он прибыл в этот мир из далёкого будущего, чтобы предостеречь их об приближающейся опасности, угрожающей всему человечеству. Он уверен, что в ближайшее время на планету нападёт...